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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲府 | 42 | 86 | 24 | 14 | 4 | 63 | 35 | 28 |
| 2 | 横浜F | 47 | 83 | 25 | 8 | 14 | 70 | 49 | 21 |
| 3 | 京都 | 47 | 82 | 25 | 7 | 15 | 70 | 52 | 18 |
| 4 | 千葉 | 47 | 78 | 23 | 9 | 15 | 66 | 37 | 29 |
| 5 | 湘南 | 45 | 76 | 20 | 16 | 9 | 69 | 49 | 20 |
| 6 | 大分 | 45 | 75 | 22 | 9 | 14 | 64 | 45 | 19 |
| 7 | 東京V | 47 | 74 | 22 | 8 | 17 | 70 | 50 | 20 |
| 8 | 岡山 | 47 | 73 | 19 | 16 | 12 | 45 | 37 | 8 |
| 9 | 北九州 | 47 | 69 | 20 | 9 | 18 | 60 | 55 | 5 |
| 10 | 栃木 | 47 | 69 | 20 | 9 | 18 | 54 | 55 | -1 |
| 11 | 松本 | 44 | 63 | 16 | 15 | 13 | 48 | 44 | 4 |
| 12 | 水戸 | 47 | 63 | 17 | 12 | 18 | 53 | 54 | -1 |
| 13 | 山形 | 44 | 61 | 16 | 13 | 15 | 53 | 54 | -1 |
| 14 | 熊本 | 47 | 59 | 16 | 11 | 20 | 44 | 56 | -12 |
| 15 | 群馬 | 47 | 58 | 15 | 13 | 19 | 40 | 48 | -8 |
| 16 | 愛媛 | 47 | 57 | 14 | 15 | 18 | 57 | 54 | 3 |
| 17 | 徳島 | 47 | 55 | 14 | 13 | 20 | 49 | 57 | -8 |
| 18 | 福岡 | 44 | 47 | 11 | 14 | 19 | 56 | 69 | -13 |
| 19 | 富山 | 47 | 45 | 11 | 12 | 24 | 43 | 65 | -22 |
| 20 | 鳥取 | 47 | 42 | 12 | 6 | 29 | 39 | 91 | -52 |
| 21 | 岐阜 | 47 | 36 | 7 | 15 | 25 | 30 | 67 | -37 |
| 22 | 町田 | 42 | 32 | 7 | 11 | 24 | 34 | 67 | -33 |
| 23 | 札幌 | 5 | 9 | 3 | 0 | 2 | 6 | 4 | 2 |
| 24 | 神戸 | 2 | 6 | 2 | 0 | 0 | 5 | 0 | 5 |
| 25 | F東京 | 3 | 6 | 2 | 0 | 1 | 7 | 3 | 4 |
| 26 | 鳥栖 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 7 | 5 | 2 |
| 27 | G大阪 | 2 | 4 | 1 | 1 | 0 | 6 | 4 | 2 |
| 28 | 長崎 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | 4 | -2 |
