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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 徳島 | 48 | 81 | 24 | 9 | 15 | 63 | 46 | 17 |
| 2 | 鳥栖 | 45 | 80 | 22 | 14 | 9 | 73 | 39 | 34 |
| 3 | 札幌 | 45 | 79 | 24 | 7 | 14 | 56 | 35 | 21 |
| 4 | F東京 | 38 | 77 | 23 | 8 | 7 | 67 | 22 | 45 |
| 5 | 群馬 | 48 | 76 | 22 | 10 | 16 | 65 | 64 | 1 |
| 6 | 東京V | 47 | 74 | 21 | 11 | 15 | 86 | 58 | 28 |
| 7 | 千葉 | 48 | 74 | 21 | 11 | 16 | 58 | 49 | 9 |
| 8 | 栃木 | 48 | 68 | 19 | 11 | 18 | 57 | 56 | 1 |
| 9 | 熊本 | 47 | 65 | 17 | 14 | 16 | 45 | 56 | -11 |
| 10 | 京都 | 41 | 64 | 19 | 7 | 15 | 55 | 47 | 8 |
| 11 | 大分 | 48 | 60 | 14 | 18 | 16 | 54 | 57 | -3 |
| 12 | 北九州 | 47 | 59 | 16 | 11 | 20 | 48 | 66 | -18 |
| 13 | 愛媛 | 47 | 58 | 14 | 16 | 17 | 56 | 62 | -6 |
| 14 | 岡山 | 48 | 57 | 15 | 12 | 21 | 52 | 72 | -20 |
| 15 | 水戸 | 48 | 56 | 15 | 11 | 22 | 52 | 63 | -11 |
| 16 | 湘南 | 41 | 55 | 15 | 10 | 16 | 54 | 51 | 3 |
| 17 | 横浜F | 48 | 52 | 14 | 10 | 24 | 46 | 65 | -19 |
| 18 | 富山 | 48 | 52 | 13 | 13 | 22 | 48 | 72 | -24 |
| 19 | 鳥取 | 41 | 32 | 8 | 8 | 25 | 39 | 67 | -28 |
| 20 | 岐阜 | 47 | 30 | 7 | 9 | 31 | 45 | 97 | -52 |
| 21 | 甲府 | 9 | 20 | 6 | 2 | 1 | 21 | 10 | 11 |
| 22 | 福岡 | 10 | 20 | 6 | 2 | 2 | 16 | 12 | 4 |
| 23 | 柏 | 6 | 14 | 4 | 2 | 0 | 15 | 3 | 12 |
| 24 | 山形 | 3 | 6 | 2 | 0 | 1 | 5 | 5 | 0 |
| 25 | 町田 | 3 | 3 | 1 | 0 | 2 | 3 | 3 | 0 |
| 26 | 松本 | 3 | 3 | 1 | 0 | 2 | 2 | 4 | -2 |
