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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲府 | 50 | 96 | 27 | 15 | 8 | 90 | 54 | 36 |
| 2 | 福岡 | 50 | 94 | 28 | 10 | 12 | 79 | 45 | 34 |
| 3 | 熊本 | 51 | 81 | 22 | 15 | 14 | 59 | 56 | 3 |
| 4 | 柏 | 36 | 80 | 23 | 11 | 2 | 71 | 24 | 47 |
| 5 | 東京V | 51 | 79 | 23 | 10 | 18 | 66 | 54 | 12 |
| 6 | 鳥栖 | 51 | 78 | 21 | 15 | 15 | 59 | 52 | 7 |
| 7 | 徳島 | 51 | 73 | 21 | 10 | 20 | 70 | 57 | 13 |
| 8 | 横浜F | 51 | 72 | 21 | 9 | 21 | 70 | 67 | 3 |
| 9 | 札幌 | 51 | 70 | 18 | 16 | 17 | 56 | 55 | 1 |
| 10 | 群馬 | 51 | 70 | 21 | 7 | 23 | 52 | 72 | -20 |
| 11 | 栃木 | 51 | 65 | 18 | 11 | 22 | 60 | 61 | -1 |
| 12 | 千葉 | 37 | 64 | 19 | 7 | 11 | 61 | 37 | 24 |
| 13 | 岐阜 | 51 | 60 | 17 | 9 | 25 | 51 | 66 | -15 |
| 14 | 愛媛 | 51 | 59 | 14 | 17 | 20 | 46 | 53 | -7 |
| 15 | 水戸 | 51 | 48 | 11 | 15 | 25 | 41 | 77 | -36 |
| 16 | 大分 | 37 | 44 | 11 | 11 | 15 | 40 | 49 | -9 |
| 17 | 富山 | 51 | 41 | 11 | 8 | 32 | 53 | 93 | -40 |
| 18 | 岡山 | 51 | 36 | 9 | 9 | 33 | 35 | 83 | -48 |
| 19 | 仙台 | 14 | 33 | 10 | 3 | 1 | 26 | 9 | 17 |
| 20 | C大阪 | 14 | 30 | 9 | 3 | 2 | 26 | 10 | 16 |
| 21 | 湘南 | 15 | 30 | 9 | 3 | 3 | 25 | 13 | 12 |
| 22 | 北九州 | 37 | 15 | 1 | 12 | 24 | 20 | 68 | -48 |
| 23 | F東京 | 1 | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 |
| 24 | 京都 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | -1 |
| 25 | 鳥取 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | -1 |
