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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲府 | 62 | 117 | 34 | 15 | 13 | 93 | 56 | 37 |
| 2 | C大阪 | 54 | 113 | 34 | 11 | 9 | 108 | 55 | 53 |
| 3 | 仙台 | 54 | 110 | 33 | 11 | 10 | 91 | 45 | 46 |
| 4 | 鳥栖 | 62 | 105 | 30 | 15 | 17 | 83 | 62 | 21 |
| 5 | 湘南 | 54 | 101 | 30 | 11 | 13 | 89 | 57 | 32 |
| 6 | 徳島 | 61 | 91 | 25 | 16 | 20 | 83 | 66 | 17 |
| 7 | 札幌 | 59 | 87 | 23 | 18 | 18 | 81 | 75 | 6 |
| 8 | 水戸 | 63 | 85 | 24 | 13 | 26 | 79 | 94 | -15 |
| 9 | 福岡 | 63 | 82 | 22 | 16 | 25 | 71 | 83 | -12 |
| 10 | 東京V | 59 | 81 | 23 | 12 | 24 | 76 | 70 | 6 |
| 11 | 岐阜 | 62 | 77 | 21 | 14 | 27 | 72 | 84 | -12 |
| 12 | 熊本 | 62 | 74 | 20 | 14 | 28 | 78 | 94 | -16 |
| 13 | 群馬 | 63 | 72 | 20 | 12 | 31 | 73 | 98 | -25 |
| 14 | 富山 | 59 | 67 | 17 | 16 | 26 | 56 | 79 | -23 |
| 15 | 愛媛 | 62 | 62 | 16 | 14 | 32 | 66 | 91 | -25 |
| 16 | 横浜F | 63 | 61 | 16 | 13 | 34 | 59 | 87 | -28 |
| 17 | 栃木 | 59 | 47 | 10 | 17 | 32 | 48 | 85 | -37 |
| 18 | 岡山 | 60 | 46 | 11 | 13 | 36 | 47 | 94 | -47 |
| 19 | 柏 | 8 | 20 | 6 | 2 | 0 | 12 | 3 | 9 |
| 20 | 千葉 | 9 | 17 | 5 | 2 | 2 | 18 | 9 | 9 |
| 21 | 大分 | 9 | 16 | 5 | 1 | 3 | 16 | 11 | 5 |
| 22 | 広島 | 3 | 9 | 3 | 0 | 0 | 9 | 4 | 5 |
| 23 | 山形 | 3 | 7 | 2 | 1 | 0 | 5 | 3 | 2 |
| 24 | 北九州 | 9 | 6 | 1 | 3 | 5 | 3 | 11 | -8 |
