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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲府 | 65 | 129 | 38 | 15 | 12 | 108 | 64 | 44 |
| 2 | 鳥栖 | 65 | 112 | 31 | 19 | 15 | 90 | 65 | 25 |
| 3 | 札幌 | 65 | 101 | 26 | 23 | 16 | 92 | 74 | 18 |
| 4 | 東京V | 65 | 97 | 27 | 16 | 22 | 84 | 69 | 15 |
| 5 | 仙台 | 45 | 96 | 29 | 9 | 7 | 82 | 36 | 46 |
| 6 | 徳島 | 65 | 90 | 24 | 18 | 23 | 85 | 76 | 9 |
| 7 | C大阪 | 45 | 88 | 26 | 10 | 9 | 90 | 50 | 40 |
| 8 | 福岡 | 64 | 88 | 24 | 16 | 24 | 75 | 82 | -7 |
| 9 | 水戸 | 64 | 84 | 23 | 15 | 26 | 77 | 93 | -16 |
| 10 | 湘南 | 45 | 83 | 24 | 11 | 10 | 74 | 46 | 28 |
| 11 | 熊本 | 65 | 82 | 22 | 16 | 27 | 78 | 96 | -18 |
| 12 | 岐阜 | 65 | 79 | 21 | 16 | 28 | 76 | 91 | -15 |
| 13 | 富山 | 65 | 75 | 20 | 15 | 30 | 68 | 91 | -23 |
| 14 | 群馬 | 65 | 75 | 20 | 15 | 30 | 72 | 96 | -24 |
| 15 | 横浜F | 65 | 68 | 19 | 11 | 35 | 69 | 92 | -23 |
| 16 | 栃木 | 65 | 63 | 15 | 18 | 32 | 64 | 92 | -28 |
| 17 | 愛媛 | 65 | 58 | 14 | 16 | 35 | 61 | 96 | -35 |
| 18 | 岡山 | 65 | 51 | 13 | 12 | 40 | 48 | 102 | -54 |
| 19 | 柏 | 20 | 45 | 13 | 6 | 1 | 36 | 13 | 23 |
| 20 | 千葉 | 20 | 36 | 10 | 6 | 4 | 38 | 21 | 17 |
| 21 | 大分 | 20 | 22 | 6 | 4 | 10 | 25 | 32 | -7 |
| 22 | 北九州 | 20 | 12 | 1 | 9 | 10 | 10 | 25 | -15 |
