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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲府 | 41 | 82 | 24 | 10 | 7 | 64 | 40 | 24 |
| 2 | 鳥栖 | 41 | 76 | 22 | 10 | 9 | 60 | 41 | 19 |
| 3 | 福岡 | 41 | 71 | 20 | 11 | 10 | 60 | 40 | 20 |
| 4 | 札幌 | 41 | 62 | 16 | 14 | 11 | 56 | 50 | 6 |
| 5 | 岐阜 | 42 | 56 | 17 | 5 | 20 | 51 | 59 | -8 |
| 6 | 熊本 | 41 | 56 | 16 | 8 | 17 | 48 | 59 | -11 |
| 7 | 仙台 | 25 | 55 | 17 | 4 | 4 | 45 | 21 | 24 |
| 8 | 徳島 | 41 | 53 | 15 | 8 | 18 | 54 | 48 | 6 |
| 9 | 東京V | 41 | 51 | 14 | 9 | 18 | 51 | 49 | 2 |
| 10 | 水戸 | 41 | 51 | 14 | 9 | 18 | 41 | 55 | -14 |
| 11 | C大阪 | 25 | 48 | 14 | 6 | 5 | 46 | 23 | 23 |
| 12 | 横浜F | 41 | 48 | 14 | 6 | 21 | 48 | 59 | -11 |
| 13 | 栃木 | 41 | 44 | 11 | 11 | 19 | 39 | 49 | -10 |
| 14 | 柏 | 16 | 42 | 13 | 3 | 0 | 31 | 7 | 24 |
| 15 | 湘南 | 25 | 41 | 12 | 5 | 8 | 33 | 28 | 5 |
| 16 | 富山 | 41 | 41 | 11 | 8 | 22 | 42 | 63 | -21 |
| 17 | 群馬 | 41 | 41 | 11 | 8 | 22 | 39 | 66 | -27 |
| 18 | 愛媛 | 41 | 39 | 9 | 12 | 20 | 34 | 54 | -20 |
| 19 | 岡山 | 41 | 32 | 8 | 8 | 25 | 31 | 63 | -32 |
| 20 | 千葉 | 16 | 31 | 9 | 4 | 3 | 30 | 15 | 15 |
| 21 | 大分 | 16 | 19 | 5 | 4 | 7 | 23 | 24 | -1 |
| 22 | 北九州 | 17 | 10 | 1 | 7 | 9 | 7 | 20 | -13 |
