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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲府 | 51 | 102 | 30 | 12 | 9 | 87 | 48 | 39 |
| 2 | 鳥栖 | 51 | 94 | 27 | 13 | 11 | 75 | 50 | 25 |
| 3 | 仙台 | 36 | 74 | 22 | 8 | 6 | 62 | 30 | 32 |
| 4 | 福岡 | 51 | 74 | 21 | 11 | 19 | 66 | 69 | -3 |
| 5 | 札幌 | 51 | 73 | 18 | 19 | 14 | 64 | 59 | 5 |
| 6 | 徳島 | 51 | 72 | 20 | 12 | 19 | 67 | 58 | 9 |
| 7 | 東京V | 51 | 70 | 19 | 13 | 19 | 69 | 59 | 10 |
| 8 | C大阪 | 36 | 69 | 20 | 9 | 7 | 71 | 38 | 33 |
| 9 | 岐阜 | 52 | 68 | 19 | 11 | 22 | 62 | 71 | -9 |
| 10 | 水戸 | 51 | 68 | 19 | 11 | 21 | 55 | 67 | -12 |
| 11 | 熊本 | 51 | 65 | 18 | 11 | 22 | 63 | 79 | -16 |
| 12 | 湘南 | 36 | 63 | 18 | 9 | 9 | 57 | 41 | 16 |
| 13 | 横浜F | 52 | 57 | 16 | 9 | 27 | 56 | 73 | -17 |
| 14 | 群馬 | 51 | 57 | 15 | 12 | 24 | 54 | 74 | -20 |
| 15 | 栃木 | 51 | 52 | 13 | 13 | 25 | 47 | 66 | -19 |
| 16 | 富山 | 51 | 52 | 13 | 13 | 25 | 49 | 76 | -27 |
| 17 | 愛媛 | 51 | 48 | 12 | 12 | 27 | 48 | 76 | -28 |
| 18 | 柏 | 15 | 39 | 12 | 3 | 0 | 29 | 7 | 22 |
| 19 | 岡山 | 51 | 36 | 9 | 9 | 33 | 35 | 79 | -44 |
| 20 | 千葉 | 15 | 30 | 9 | 3 | 3 | 28 | 13 | 15 |
| 21 | 大分 | 15 | 19 | 5 | 4 | 6 | 22 | 22 | 0 |
| 22 | 北九州 | 16 | 10 | 1 | 7 | 8 | 7 | 18 | -11 |
