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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 仙台 | 75 | 129 | 36 | 21 | 18 | 113 | 82 | 31 |
| 2 | 鳥栖 | 75 | 122 | 36 | 14 | 25 | 95 | 88 | 7 |
| 3 | 札幌 | 61 | 115 | 34 | 13 | 14 | 92 | 60 | 32 |
| 4 | 東京V | 60 | 110 | 32 | 14 | 14 | 112 | 78 | 34 |
| 5 | 湘南 | 75 | 109 | 32 | 13 | 30 | 108 | 101 | 7 |
| 6 | C大阪 | 62 | 108 | 33 | 9 | 20 | 95 | 71 | 24 |
| 7 | 山形 | 75 | 97 | 25 | 22 | 28 | 86 | 84 | 2 |
| 8 | 京都 | 48 | 86 | 24 | 14 | 10 | 80 | 59 | 21 |
| 9 | 福岡 | 62 | 85 | 25 | 10 | 27 | 92 | 89 | 3 |
| 10 | 愛媛 | 75 | 76 | 20 | 16 | 39 | 69 | 99 | -30 |
| 11 | 群馬 | 75 | 68 | 12 | 32 | 31 | 67 | 112 | -45 |
| 12 | 徳島 | 75 | 57 | 12 | 21 | 42 | 60 | 119 | -59 |
| 13 | 横浜F | 27 | 52 | 15 | 7 | 5 | 43 | 25 | 18 |
| 14 | 水戸 | 75 | 52 | 12 | 16 | 47 | 59 | 120 | -61 |
| 15 | 広島 | 14 | 32 | 10 | 2 | 2 | 27 | 9 | 18 |
| 16 | 柏 | 13 | 20 | 6 | 2 | 5 | 25 | 19 | 6 |
| 17 | 神戸 | 13 | 19 | 5 | 4 | 4 | 25 | 21 | 4 |
| 18 | 岐阜 | 14 | 17 | 5 | 2 | 7 | 23 | 22 | 1 |
| 19 | 甲府 | 14 | 17 | 4 | 5 | 5 | 13 | 15 | -2 |
| 20 | 熊本 | 14 | 12 | 3 | 3 | 8 | 16 | 27 | -11 |
