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※延長戦は、PK勝ち・Vゴール=>勝ち点3、引分=>勝ち点1、負け=>勝ち点0で計算しています。
順位表
| 順位 | チーム | 試合数 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 札幌 | 62 | 116 | 34 | 14 | 14 | 93 | 61 | 32 |
| 2 | 東京V | 61 | 111 | 32 | 15 | 14 | 113 | 79 | 34 |
| 3 | 仙台 | 63 | 106 | 30 | 16 | 17 | 94 | 70 | 24 |
| 4 | 鳥栖 | 63 | 104 | 31 | 11 | 21 | 83 | 76 | 7 |
| 5 | 湘南 | 63 | 87 | 25 | 12 | 26 | 87 | 87 | 0 |
| 6 | 京都 | 48 | 86 | 24 | 14 | 10 | 80 | 59 | 21 |
| 7 | C大阪 | 49 | 83 | 25 | 8 | 16 | 74 | 55 | 19 |
| 8 | 山形 | 62 | 75 | 19 | 18 | 25 | 68 | 71 | -3 |
| 9 | 福岡 | 48 | 73 | 22 | 7 | 19 | 77 | 61 | 16 |
| 10 | 愛媛 | 63 | 70 | 19 | 13 | 31 | 59 | 81 | -22 |
| 11 | 群馬 | 63 | 51 | 8 | 27 | 28 | 53 | 98 | -45 |
| 12 | 水戸 | 63 | 45 | 11 | 12 | 40 | 46 | 94 | -48 |
| 13 | 徳島 | 63 | 43 | 8 | 19 | 36 | 44 | 100 | -56 |
| 14 | 横浜F | 15 | 33 | 10 | 3 | 2 | 25 | 13 | 12 |
| 15 | 神戸 | 14 | 20 | 5 | 5 | 4 | 26 | 22 | 4 |
| 16 | 柏 | 14 | 20 | 6 | 2 | 6 | 25 | 21 | 4 |
| 17 | 広島 | 1 | 3 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 |
| 18 | 岐阜 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| 18 | 甲府 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| 20 | 熊本 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | -1 |
